MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis IU888 complete genome

Total Repeats: 20007

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020512	AGG	2	6	18	23	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428136
2	NC_020512	GGAT	2	8	57	64	25 %	25 %	50 %	0 %	478428136
3	NC_020512	TAA	3	9	93	101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428136
4	NC_020512	GTA	2	6	137	142	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428136
5	NC_020512	AGT	2	6	168	173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428136
6	NC_020512	GA	3	6	212	217	50 %	0 %	50 %	0 %	478428136
7	NC_020512	CAA	2	6	338	343	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428136
8	NC_020512	AGT	2	6	364	369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428136
9	NC_020512	GTG	2	6	380	385	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478428136
10	NC_020512	CAG	2	6	416	421	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428136
11	NC_020512	AGTG	2	8	547	554	25 %	25 %	50 %	0 %	478428136
12	NC_020512	TGGC	2	8	581	588	0 %	25 %	50 %	25 %	478428136
13	NC_020512	GCC	2	6	604	609	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	478428136
14	NC_020512	TGC	2	6	663	668	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428136
15	NC_020512	ATT	2	6	675	680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428136
16	NC_020512	CGA	2	6	697	702	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428136
17	NC_020512	TC	3	6	825	830	0 %	50 %	0 %	50 %	478428136
18	NC_020512	TAT	2	6	839	844	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428136
19	NC_020512	AG	3	6	847	852	50 %	0 %	50 %	0 %	478428136
20	NC_020512	GAA	2	6	886	891	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428136
21	NC_020512	AGA	2	6	915	920	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428136
22	NC_020512	AGA	2	6	969	974	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428136
23	NC_020512	CAA	2	6	1042	1047	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428136
24	NC_020512	AATG	2	8	1066	1073	50 %	25 %	25 %	0 %	478428136
25	NC_020512	TTG	2	6	1185	1190	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428136
26	NC_020512	CTC	2	6	1214	1219	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428136
27	NC_020512	GAT	2	6	1276	1281	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428136
28	NC_020512	GAT	2	6	1330	1335	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428136
29	NC_020512	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	478428136
30	NC_020512	ATG	2	6	1393	1398	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428136
31	NC_020512	CTAT	2	8	1400	1407	25 %	50 %	0 %	25 %	478428136
32	NC_020512	CCT	2	6	1552	1557	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428136
33	NC_020512	CTT	2	6	1613	1618	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428136
34	NC_020512	CAG	2	6	1678	1683	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428136
35	NC_020512	TGA	2	6	1739	1744	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428136
36	NC_020512	ATG	2	6	1936	1941	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428137
37	NC_020512	GTG	2	6	1942	1947	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478428137
38	NC_020512	TCC	2	6	1951	1956	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428137
39	NC_020512	AGC	2	6	1965	1970	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428137
40	NC_020512	T	6	6	1984	1989	0 %	100 %	0 %	0 %	478428137
41	NC_020512	AGC	2	6	1992	1997	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428137
42	NC_020512	AAG	2	6	2003	2008	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428137
43	NC_020512	TAC	2	6	2041	2046	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428137
44	NC_020512	GCT	2	6	2051	2056	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428137
45	NC_020512	AGTA	2	8	2089	2096	50 %	25 %	25 %	0 %	478428137
46	NC_020512	AGA	2	6	2161	2166	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428137
47	NC_020512	AGA	2	6	2417	2422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428138
48	NC_020512	ATC	2	6	2424	2429	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428138
49	NC_020512	TGC	2	6	2444	2449	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428138
50	NC_020512	ATGA	2	8	2493	2500	50 %	25 %	25 %	0 %	478428138
51	NC_020512	GATA	2	8	2531	2538	50 %	25 %	25 %	0 %	478428138
52	NC_020512	CAT	2	6	2568	2573	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428138
53	NC_020512	AGA	2	6	2597	2602	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428138
54	NC_020512	AAG	2	6	2626	2631	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428138
55	NC_020512	GGA	2	6	2661	2666	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428138
56	NC_020512	AG	3	6	2753	2758	50 %	0 %	50 %	0 %	478428139
57	NC_020512	ATC	2	6	2790	2795	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428139
58	NC_020512	TTTC	2	8	2828	2835	0 %	75 %	0 %	25 %	478428139
59	NC_020512	ATA	2	6	2940	2945	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428139
60	NC_020512	AAC	2	6	2965	2970	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428139
61	NC_020512	GGT	2	6	3019	3024	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478428139
62	NC_020512	AAT	2	6	3125	3130	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428139
63	NC_020512	TTC	2	6	3160	3165	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428139
64	NC_020512	GCA	2	6	3179	3184	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428139
65	NC_020512	GGA	2	6	3227	3232	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428139
66	NC_020512	CAG	2	6	3246	3251	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428139
67	NC_020512	GTT	2	6	3263	3268	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428139
68	NC_020512	GGT	2	6	3355	3360	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478428139
69	NC_020512	GA	3	6	3421	3426	50 %	0 %	50 %	0 %	478428139
70	NC_020512	T	6	6	3428	3433	0 %	100 %	0 %	0 %	478428139
71	NC_020512	AAG	2	6	3513	3518	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428139
72	NC_020512	ATT	2	6	3575	3580	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428139
73	NC_020512	TTG	2	6	3627	3632	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428139
74	NC_020512	CATG	2	8	3709	3716	25 %	25 %	25 %	25 %	478428139
75	NC_020512	AAG	2	6	3738	3743	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428139
76	NC_020512	AAG	2	6	3753	3758	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428139
77	NC_020512	CAG	2	6	3795	3800	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428139
78	NC_020512	GCT	2	6	3866	3871	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428139
79	NC_020512	TGTGA	2	10	3881	3890	20 %	40 %	40 %	0 %	478428139
80	NC_020512	TTCC	2	8	4014	4021	0 %	50 %	0 %	50 %	478428139
81	NC_020512	AAG	2	6	4032	4037	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428139
82	NC_020512	CAG	2	6	4082	4087	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428139
83	NC_020512	GGA	2	6	4169	4174	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428139
84	NC_020512	AAT	2	6	4179	4184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428139
85	NC_020512	TTGAA	2	10	4237	4246	40 %	40 %	20 %	0 %	478428140
86	NC_020512	ATT	2	6	4259	4264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428140
87	NC_020512	TGA	2	6	4289	4294	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428140
88	NC_020512	TTTA	2	8	4412	4419	25 %	75 %	0 %	0 %	478428140
89	NC_020512	GTA	2	6	4521	4526	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428140
90	NC_020512	GAGAA	2	10	4531	4540	60 %	0 %	40 %	0 %	478428140
91	NC_020512	AGA	2	6	4568	4573	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428140
92	NC_020512	ATCC	2	8	4712	4719	25 %	25 %	0 %	50 %	478428140
93	NC_020512	GAA	2	6	4752	4757	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428140
94	NC_020512	CGT	2	6	4884	4889	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428140
95	NC_020512	A	7	7	4928	4934	100 %	0 %	0 %	0 %	478428140
96	NC_020512	GTT	2	6	4935	4940	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428140
97	NC_020512	GAAAA	2	10	4968	4977	80 %	0 %	20 %	0 %	478428140
98	NC_020512	A	7	7	4974	4980	100 %	0 %	0 %	0 %	478428140
99	NC_020512	TGA	2	6	5072	5077	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428140
100	NC_020512	AT	3	6	5114	5119	50 %	50 %	0 %	0 %	478428140
101	NC_020512	TTACA	2	10	5123	5132	40 %	40 %	0 %	20 %	478428140
102	NC_020512	TTG	2	6	5167	5172	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428140
103	NC_020512	TTC	2	6	5308	5313	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428140
104	NC_020512	TCT	2	6	5400	5405	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428140
105	NC_020512	AGA	2	6	5420	5425	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428140
106	NC_020512	GTT	2	6	5447	5452	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428140
107	NC_020512	GACG	2	8	5459	5466	25 %	0 %	50 %	25 %	478428140
108	NC_020512	GGT	2	6	5495	5500	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478428140
109	NC_020512	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478428140
110	NC_020512	TTGG	2	8	5562	5569	0 %	50 %	50 %	0 %	478428140
111	NC_020512	CTC	2	6	5599	5604	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428140
112	NC_020512	AGC	2	6	5630	5635	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428140
113	NC_020512	ATT	2	6	5747	5752	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428141
114	NC_020512	TCT	2	6	5765	5770	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428141
115	NC_020512	GCT	2	6	5811	5816	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428141
116	NC_020512	GTCTT	2	10	5817	5826	0 %	60 %	20 %	20 %	478428141
117	NC_020512	GAT	2	6	5846	5851	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428141
118	NC_020512	TC	3	6	5862	5867	0 %	50 %	0 %	50 %	478428141
119	NC_020512	GA	3	6	5873	5878	50 %	0 %	50 %	0 %	478428141
120	NC_020512	ACG	2	6	5884	5889	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428141
121	NC_020512	GAA	2	6	5908	5913	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428141
122	NC_020512	TGGA	2	8	5921	5928	25 %	25 %	50 %	0 %	478428141
123	NC_020512	AT	3	6	5977	5982	50 %	50 %	0 %	0 %	478428141
124	NC_020512	AGA	3	9	5985	5993	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428141
125	NC_020512	GCT	2	6	5994	5999	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428141
126	NC_020512	AGA	2	6	6003	6008	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428141
127	NC_020512	TGG	2	6	6039	6044	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478428141
128	NC_020512	AGA	3	9	6057	6065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428141
129	NC_020512	GGA	2	6	6066	6071	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428141
130	NC_020512	TG	3	6	6130	6135	0 %	50 %	50 %	0 %	478428141
131	NC_020512	T	6	6	6208	6213	0 %	100 %	0 %	0 %	478428141
132	NC_020512	TCA	2	6	6251	6256	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428141
133	NC_020512	GGA	2	6	6288	6293	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428141
134	NC_020512	CTTT	2	8	6298	6305	0 %	75 %	0 %	25 %	478428141
135	NC_020512	CTT	2	6	6348	6353	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428141
136	NC_020512	CTG	2	6	6354	6359	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428141
137	NC_020512	CAG	2	6	6509	6514	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428141
138	NC_020512	AG	3	6	6538	6543	50 %	0 %	50 %	0 %	478428141
139	NC_020512	GCA	2	6	6547	6552	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428141
140	NC_020512	GGGA	2	8	6813	6820	25 %	0 %	75 %	0 %	478428141
141	NC_020512	AG	3	6	7012	7017	50 %	0 %	50 %	0 %	478428142
142	NC_020512	AGG	2	6	7038	7043	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428142
143	NC_020512	GAA	2	6	7082	7087	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428142
144	NC_020512	GGTG	2	8	7116	7123	0 %	25 %	75 %	0 %	478428142
145	NC_020512	AAAT	2	8	7182	7189	75 %	25 %	0 %	0 %	478428142
146	NC_020512	GCA	2	6	7346	7351	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428142
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149	NC_020512	TCG	2	6	7914	7919	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428143
150	NC_020512	TCC	2	6	7957	7962	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428143
151	NC_020512	GTT	2	6	8065	8070	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428143
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153	NC_020512	T	6	6	8283	8288	0 %	100 %	0 %	0 %	478428143
154	NC_020512	TGGTA	2	10	8290	8299	20 %	40 %	40 %	0 %	478428143
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156	NC_020512	TTA	2	6	8435	8440	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428143
157	NC_020512	A	6	6	8567	8572	100 %	0 %	0 %	0 %	478428143
158	NC_020512	T	6	6	8652	8657	0 %	100 %	0 %	0 %	478428143
159	NC_020512	TTC	2	6	8758	8763	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428143
160	NC_020512	ATTG	2	8	8818	8825	25 %	50 %	25 %	0 %	478428144
161	NC_020512	GAA	2	6	8902	8907	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428144
162	NC_020512	AG	3	6	8990	8995	50 %	0 %	50 %	0 %	478428144
163	NC_020512	ACC	2	6	9030	9035	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478428144
164	NC_020512	CTT	2	6	9083	9088	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428144
165	NC_020512	CT	4	8	9109	9116	0 %	50 %	0 %	50 %	478428144
166	NC_020512	GAG	2	6	9163	9168	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428144
167	NC_020512	ATA	2	6	9180	9185	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428144
168	NC_020512	GT	3	6	9191	9196	0 %	50 %	50 %	0 %	478428144
169	NC_020512	AGG	2	6	9204	9209	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428144
170	NC_020512	AGCG	2	8	9285	9292	25 %	0 %	50 %	25 %	478428144
171	NC_020512	AAAG	2	8	9306	9313	75 %	0 %	25 %	0 %	478428144
172	NC_020512	GAA	2	6	9384	9389	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428144
173	NC_020512	CAG	2	6	9400	9405	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428144
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175	NC_020512	TGT	2	6	9471	9476	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428144
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178	NC_020512	G	8	8	9622	9629	0 %	0 %	100 %	0 %	478428144
179	NC_020512	CTTT	2	8	9646	9653	0 %	75 %	0 %	25 %	478428144
180	NC_020512	GTT	2	6	9658	9663	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428144
181	NC_020512	AAG	2	6	9682	9687	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428144
182	NC_020512	CGAAA	2	10	9698	9707	60 %	0 %	20 %	20 %	478428144
183	NC_020512	GAG	2	6	9708	9713	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428144
184	NC_020512	TTA	2	6	9998	10003	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428145
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189	NC_020512	T	6	6	10174	10179	0 %	100 %	0 %	0 %	478428145
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238	NC_020512	ACA	2	6	12213	12218	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428147
239	NC_020512	TAG	2	6	12312	12317	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428147
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241	NC_020512	A	6	6	12420	12425	100 %	0 %	0 %	0 %	478428147
242	NC_020512	TA	3	6	12470	12475	50 %	50 %	0 %	0 %	478428147
243	NC_020512	T	6	6	12479	12484	0 %	100 %	0 %	0 %	478428147
244	NC_020512	TAC	2	6	12506	12511	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428147
245	NC_020512	TCA	2	6	12513	12518	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428147
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253	NC_020512	ATA	2	6	13074	13079	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428147
254	NC_020512	T	6	6	13147	13152	0 %	100 %	0 %	0 %	478428147
255	NC_020512	ATA	2	6	13166	13171	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428148
256	NC_020512	GTTT	2	8	13174	13181	0 %	75 %	25 %	0 %	478428148
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260	NC_020512	GAA	2	6	13395	13400	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428148
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262	NC_020512	GAG	2	6	13460	13465	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428148
263	NC_020512	TTC	2	6	13489	13494	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428148
264	NC_020512	AG	3	6	13522	13527	50 %	0 %	50 %	0 %	478428148
265	NC_020512	ATGC	2	8	13604	13611	25 %	25 %	25 %	25 %	478428148
266	NC_020512	TGA	2	6	13644	13649	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428148
267	NC_020512	TC	3	6	13656	13661	0 %	50 %	0 %	50 %	478428148
268	NC_020512	AG	4	8	13678	13685	50 %	0 %	50 %	0 %	478428148
269	NC_020512	ATA	2	6	13709	13714	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428148
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282	NC_020512	T	7	7	14588	14594	0 %	100 %	0 %	0 %	478428149
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382	NC_020512	AG	4	8	20117	20124	50 %	0 %	50 %	0 %	478428153
383	NC_020512	TTTG	2	8	20137	20144	0 %	75 %	25 %	0 %	478428153
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392	NC_020512	GAG	2	6	20564	20569	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428154
393	NC_020512	A	6	6	20632	20637	100 %	0 %	0 %	0 %	478428154
394	NC_020512	CTT	2	6	20705	20710	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428154
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396	NC_020512	TCC	2	6	20805	20810	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428154
397	NC_020512	TGTA	2	8	20829	20836	25 %	50 %	25 %	0 %	478428154
398	NC_020512	ACG	2	6	20919	20924	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428154
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401	NC_020512	AAGAT	2	10	22043	22052	60 %	20 %	20 %	0 %	478428155
402	NC_020512	A	6	6	22112	22117	100 %	0 %	0 %	0 %	478428155
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